其中，中國科學(xué)院物理研究所趙忠賢院士和中國中醫(yī)科學(xué)院屠呦呦研究員，分別獲得國家最高科學(xué)技術(shù)獎。國家自然科學(xué)獎、國家技術(shù)發(fā)明獎和國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎這三大獎共評選出279個獲獎項(xiàng)目，另外，還有5名外籍專家和1個國際組織獲得中華人民共和國國際科學(xué)技術(shù)合作獎。

   經(jīng)學(xué)科專業(yè)評審組、評審委員會和獎勵委員會三級評審，2016年度國家科學(xué)技術(shù)獎共評選出2名最高獎獲獎人、279個項(xiàng)目、5名外籍專家和1個國際組織。

　中國科學(xué)院共獲2016年度國家科學(xué)技術(shù)獎勵26項(xiàng)（人）
　　
中國科學(xué)院物理所趙忠賢院士獲最高科學(xué)技術(shù)獎，中科院作為第一完成人或完成單位，獲自然科學(xué)獎一等獎1項(xiàng)，自然科學(xué)獎二等獎12項(xiàng)；技術(shù)發(fā)明獎一等獎1項(xiàng)，技術(shù)發(fā)明獎二等獎3項(xiàng)；科技進(jìn)步獎一等獎1項(xiàng)，科技進(jìn)步獎二等獎5項(xiàng)。

其中中國科學(xué)院高能物理研究所王貽芳院士牽頭完成的“大亞灣反應(yīng)堆中微子實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)的中微子振蕩新模式”獲國家自然科學(xué)一等獎，中國科學(xué)院光電技術(shù)研究所牽頭完成的項(xiàng)目獲技術(shù)發(fā)明一等獎（專用項(xiàng)目），中國科學(xué)院高能物理研究所牽頭完成的“北京正負(fù)電子對撞機(jī)重大改造工程”獲科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎。

中科院推薦的德國比勒菲爾德大學(xué)教授凱瑟琳娜•科瑟-赫英郝斯和美國威斯康星大學(xué)教授約翰•庫茨巴赫獲國際科技技術(shù)合作獎。

　中科院獲2016年度國家科技獎三大獎項(xiàng)目列表
　　
中國科學(xué)院共獲2016年度國家科學(xué)技術(shù)獎勵26項(xiàng)（人）。物理所趙忠賢院士獲最高科學(xué)技術(shù)獎，中科院作為第一完成人或完成單位，獲自然科學(xué)獎一等獎1項(xiàng)，自然科學(xué)獎二等獎12項(xiàng)；技術(shù)發(fā)明獎一等等獎1項(xiàng)，技術(shù)發(fā)明獎二等獎3項(xiàng)；科技進(jìn)步獎一等獎1項(xiàng)，科技進(jìn)步獎二等獎5項(xiàng)。其中高能物理研究所王貽芳院士牽頭完成的“大亞灣反應(yīng)堆中微子實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)的中微子振蕩新模式”獲國家自然科學(xué)一等獎，光電技術(shù)研究所牽頭完成的項(xiàng)目獲技術(shù)發(fā)明一等獎（專用項(xiàng)目），高能物理研究所牽頭完成的“北京正負(fù)電子對撞機(jī)重大改造工程”獲科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎。中科院推薦的德國比勒菲爾德大學(xué)教授凱瑟琳娜•科瑟-赫英郝斯和美國威斯康星大學(xué)教授約翰•庫茨巴赫獲國際科技技術(shù)合作獎。